In Zara (heute Zadar) geboren, wurde er erst nach dem 2. Weltkrieg endgültig in Graz seßhaft und war hier bis 1961 Hauptschullehrer. Als Autodidakt war er den neuen Strömungen stets aufgeschlossen und erhielt 1942 von der Reichskulturkammer Malverbot. Er war Mitglied des Hagenbundes (1929-1938) und erhielt 1960 den Professorentitel. Als Präsident der Sezession Graz begründere er für diese die Galerie 16 im Jahre 1965.
Aber schon 1947 war er mit Hundertwasser u. a. Gründungsmitglied des legendären Art Club
in Wien und in Graz führte er mit Paul Koczett die Kinderkunstgruppe. Später beteiligte er sich im Forum Stadtpark und er erhielt zahlreiche Preise u. a. den Joanneumkunstpreis und 1976 wurde er mit dem Würdigungspreis des Landes Steiermark ausgezeichnet. Er war ein unermüdlicher Arbeiter und noch im Jahre 1988 malte er die Kreuzwegtafeln für die von Hundertwasser umgebaute Barbarakirche in Bärnbach.
Die Kunst des Autodidakten und Verfechter des Unkonventionellen, Rudolf Pointner (1907–1991), muss als wesentlicher Beitrag zur Kunstentwicklung dieses Landes gesehen werden. Sein Werk ist der Moderne verpflichtet und bekommt von seinem Beginn an Impulse aus der Volkskunst und der außereuropäischen Kunst. Eine intensive Auseinandersetzung mit dem Surrealismus war die Folge. Pointner war an der ersten und einzigen Surrealisten-Ausstellung in Wien ("Die Farbe des Menschen ist Freiheit", 1948), die vom Schriftsteller Otto Basil und dem Maler Edgar Jene zusammengestellt wurde, prominent vertreten. Bekanntschaften zu Edgar Jene, dem Lyriker Paul Celan oder dem Schriftsteller Max Hölzer intensivierten seine Nähe zum Surrealismus, den er als "wie ihm zuliebe geschaffen" empfand. Sein Engagement für avantgardistisches Denken brachte ihn sowohl zur Zeit des "Austrofaschismus", als auch während der Naziherrschaft immer wieder in Schwierigkeiten. Ab Beginn der 1950er Jahre war er ein wesentlicher Betreiber informeller Tendenzen in Österreich, die vielfach von Materialexperimenten geprägt sind. Die intensive Auseinandersetzung mit Kulturformen des alten Süd- und Mittelamerikas führt ihn zu einer sehr eigenständigen Formulierung des Surrealismus. Der auffällige psychedelische Charakter dieser Phase bringt das Werk Rudolf Pointners Anfang der 1970er Jahre sehr nahe an den herrschenden Zeitgeist und lässt es bis heute sehr vital und jugendlich erscheinen.